V ére Vladimíra Mečiara patril medzi dôležitých ľudí vo fungovaní systému okolo HZDS. V rokoch 1994-1998 bol členom vedenia Fondu národného majetku. Istý čas bol aj predsedom výkonného výboru fondu.
Privatizačná kauza
Pri privatizácii lesníckych a poľnohospodárskych podnikov v roku 1996 spôsobili funkcionári FNM škodu Slovenskej republike vo výške šesťsto miliónov korún.
Po zmene vlády a po necelých troch rokoch vyšetrovania kauzy boli v roku 2004 zo sprenevery a porušovania záväzných pravidiel hospodárskeho styku obvinení a trestne stíhaní ôsmi funkcionári FNM, medzi nimi aj Ján Kato. Ďalších troch funkcionárov chránila ako poslancov za HZDS poslanecká imunita.
Kato a spol. previedli desať štátnych firiem do súkromných rúk v rozpore so zákonom: FNM predal firmy za necelú pätinu ich účtovnej ceny. Podľa polície mali tieto podniky celkovú hodnotu 735 miliónov korún, no FNM ich hodnotu stanovil iba na 136 miliónov. Bola to jedna z najväčších privatizačných káuz z čias Vladimíra Mečiara.
Kauza DMD Holding
V roku 1991 vláda založila osobitný účet, na ktorý mali ísť peniaze z tzv. malej privatizácie. Účet spravovalo ministerstvo privatizácie. Na účet prišlo vyše 15 miliárd korún, ktoré sa mali použiť na reštitúcie alebo na rozvoj obcí.
V rokoch 1995-1997 previedlo ministerstvo v rozpore so zákonom niekoľko miliónov na Fond národného majetku, ktorý nimi opäť v rozpore so zákonom zvyšoval základné imanie spoločností a platil z nich aj odmeny predstaviteľom FNM.
V súvislosti s takýmito transakciami bol v roku 2003 Ján Kato spolu s ďalšími osobami obvinený v kauze DMD Holding. Obvinenie sa týkalo trestného činu sprenevery, zneužívania právomocí verejného činiteľa a porušovania pravidiel hospodárskeho styku. Trestnú činnosť mali v mečiarovských časoch funkcionári FNM páchať tým, že neoprávnene previedli akcie viacerých štátnych podnikov na trenčiansku spoločnosť DMD Holding a podobne v rozpore so zákonom a bez súhlasu vlády sa opakovane pokúsili previesť aj finančné sumy na DMD Holding. Štátu podľa polície spôsobili škodu vo výške viac ako 5 miliárd korún.
DMD Holding vznikol v roku 1995 na základe uznesenia Mečiarovej vlády. Postupne získaval akcie významných podnikov a firiem a zakladal dcérske a vnučkine spoločnosti, na ktoré potom presúval majetok firiem. Šéf DMD Holding Július Tóth bol ministrom financií v Mečiarovej vláde v rokoch 1992-1994. V dozornej rade DMD Holding boli napríklad Mečiarov minister hospodárstva Ján Ducký, šéf VÚB Ján Gabriel, šéf FNM Štefan Gavorník, či kľúčový funkcionár FNM Milan Rehák.
Kauza osobitný účet
Osobitný účet existoval aj na FNM. Tento účet viedli len ručne v zošite. Prichádzali sem peniaze z nehnuteľností, ktoré kupovali za symbolickú sumu ľudia blízki HZDS.
V súvislosti s touto kauzou osobitného účtu bol Kato spolu s ďalším funkcionárom FNM obvinený z porušenia povinnosti pri správe cudzieho majetku. K trestnému činu malo dôjsť podpísaním mandátnej zmluvy s Credit Lyonnais Bank Slovakia. Na základe zmluvy malo byť pre FNM zabezpečených viac ako 1,6 miliardy korún v hotovosti, a to v spolupráci so Slovenskou poisťovňou. Podľa polície podpisom zmluvy spôsobili škodu vo výške 55 miliónov korún.
Stíhania zastavené. Smer Váhostav
V decembri 2001 sa Kato stal podpredsedom predstavenstva Váhostavu. Vo funkcii bol do februára 2003.
Po nástupe prvej vlády Roberta Fica (s účasťou HZDS vo vláde) prokuratúra trestné stíhania zastavila a Kato sa stal predsedom predstavenstva a generálnym riaditeľom Váhostavu.
Je len čarom nechceného (alebo chceného?), že firma Váhostav vznikla v roku 1993 pod obchodným názvom Prvá slovenská tunelárska, a. s. Pod týmto názvom fungovala do roku 2001.





